Schon im Jahr 1490 wird eine St.-Wendelins-Kapelle in Singen urkundlich erwähnt. Sie befand sich dort, wo heute die Kreuzkirche steht. Geweiht war sie dem Heiligen Wendelin, der als Helfer der Bauern, der Hirten und des Viehs galt. Zunächst war die St. Wendelinskapelle Filialkirche der St.Thomas-Kirche in Kleinsteinbach, wo sich auch der Pfarrsitz befand. Im Jahr 1556 führte Karl II., Markgraf von Baden-Durlach, in seinen Landen die Reformation nach der Lehre Martin Luthers ein. Singen und Kleinsteinbach wurden dem Kirchenspiel Remchingen zugeschlagen, welches auch noch Wilferdingen umfasste. So befindet sich heute noch in der Singener Kirche eine Abendmahlskanne mit der Inschrift „Zur Remchinger Kirche gehörig“.
Als die alte Ortschaft Remchingen aufgegeben wurde, wurde aus dem Abbruchmaterial der Remchinger Kirche und des Schulhauses 1785/86 in Singen ein Pfarrhaus errichtet und das Kirchlein umgebaut und erweitert. Singen wurde Pfarrsitz und betreute von dort noch die Kirchengemeinden Kleinsteinbach und zeitweise auch Untermutschelbach. Während die großherzogliche Behörde 1817 eine stolze repräsentative Kirche in Kleinsteinbach errichten ließ, drohte der Singener Kirche der Verfall. Unter großen Anstrengungen wurde die Singener Kirche nun aus eigenen Mitteln der Bevölkerung und der Gemeinde umgebaut. Im Jahr 1884 erwarb die Gemeinde eine gebrauchte Kirchenorgel und durfte ab 1899 Turm und Glocke „zu weltlichen Zwecken“ nutzen. Im Jahr 1909 wurde eine Kirchturmuhr angeschafft und 1921/22 eine zweite Kirchenglocke. 1939 war der Zustand der alten Kirche so schlecht, dass sie bis auf die Grundmauern abgetragen und bis 1944 wiederaufgebaut wurde. Erst einige Jahre nach Kriegsende wurde damit begonnen, die Orgel zu überarbeiten, die Arbeiten im Innern, wie an Heizung und Kanzel, fertig zu stellen, sowie den Außenputz aufzutragen. In Jahr 1949 konnte man auch die Glocke von 1785 wieder in den Turm einbauen. In dieser Phase brachte man auch das Vordach über dem Haupteingang an und die Empore für die Orgel wurde in Richtung Altar erweitert, um Raum für weitere Sitzplätze zu schaffen. 1965 wurde das Kircheninnere neugestaltet und im Jahr 1988 erhielt die Kirche zum ersten Mal eine wirklich neue Orgel.
